Pembahagian wilayah Borneo mendapat sedikit perhatian Belanda sehingga ketibaan askar British James Brooke di Sarawak pada tahun 1841, yang Kerajaan Hindia Belanda di Batavia (Jakarta) merasakan sebagai ancaman kepada kedudukan hegemoni mereka ke atas perdagangan pantai Borneo. Ini mendorong Gabenor Jeneral Belanda, JJ Rochussen, mengeluarkan dekri pada Februari 1846 yang menggariskan kepentingan daratan Belanda (berbanding dengan kawalan pantai semata-mata) ke atas Borneo. Dokumen ini menyediakan pembahagian fait-accompli di Borneo berdasarkan aliran aliran air. Dekri ini pada dasarnya adalah rangka tindakan yang kemudiannya dirundingkan oleh Belanda dengan British yang menghasilkan Perjanjian British-Belanda 1891. [2]

Dokumen utama yang menentukan sempadan darat antara Indonesia dan Malaysia di pulau Borneo ialah Konvensyen Sempadan atau Konvensyen London 1891 [3] yang ditandatangani di London yang ditandatangani antara pihak United Kingdom dan pihak Belanda, dua kuasa kolonial yang relevan pada masa itu. pada Tarikh 20 Jun 1891. Perjanjian seterusnya antara kuasa kolonial pada tahun 1915 [4] dan 1928 [5] memperhalusi sempadan lebih jauh. Sebahagian besar daripada penalaan halus sempadan berkenaan dengan wilayah Jagoi - Stass di barat Borneo, yang, selepas rundingan terhenti pada tahun 1930, masih belum dianggap muktamad. [6] Perjanjian dan pelbagai perjanjian itu kemudiannya diterima pakai oleh Indonesia dan Malaysia sebagai negara pengganti. Status sempadan maritim di Laut Celebes yang tidak dapat diselesaikan, yang menjadi punca pertikaian sempadan Malaysia-Indonesia baru-baru ini mengenai Ligitan, Sipadan dan Ambalat, sebahagiannya disebabkan oleh fakta bahawa kebanyakan sempadan maritim tidak pernah ditandakan oleh kuasa penjajah, yang tertumpu terutamanya pada sempadan darat.

Konvensyen itu menyatakan bahawa hujung timur sempadan akan bermula pada 4° 10' latitud Utara, [7] meneruskan ke arah barat merentasi pulau Sebatik di luar pantai Sabah berhampiran bandar Tawau, membelahnya. [8] Sempadan kemudiannya melintasi saluran air antara Sebatik dan tanah besar dan bergerak ke atas di sepanjang garis median saluran Tambu dan Sikapal sehingga bukit-bukit yang membentuk aliran sungai antara Sungai Simengaris (di bahagian Indonesia) dan Serudung (di bahagian Malaysia). [9] Sempadan biasanya bergerak ke arah barat laut ke arah 4° 20'U, dan kemudian secara amnya ke arah barat tetapi menampung aliran air, walaupun sungai Pensiangan, Agisan dan Sibuda dibenarkan untuk memotong sempadan. Sempadan itu kemudiannya mengikut garisan rabung di sepanjang aliran sungai antara sungai-sungai utama mengikut utara ke Laut China Selatan, dan yang mengalir ke arah timur, selatan dan barat ke Laut Selebes, Laut Jawa dan Selat Karimata hingga Tanjung Datu pada 109° 38'.8 E 02° 05'.0 U di hujung barat Sarawak . DAS itu bagaimanapun tidak diikuti dalam laluan pendek barat daya Kuching antara Gunung Api pada 110° 04'E dan Gunung Raja pada 109° 56'E di mana sempadannya mengikut aliran, laluan, puncak dan garis lurus yang ditandakan dengan penanda sempadan dan tiang. [10][11]

Pada Tarikh 26 November 1973, satu memorandum persefahaman telah ditandatangani antara Indonesia dan Malaysia untuk tinjauan bersama dan penandaan sempadan tanah bersama mereka. Kerja bermula pada 9 September 1975 dan siap pada Februari 2000. Sehingga 2006, sebanyak 19 memorandum persefahaman dengan 28 peta telah ditandatangani antara kedua-dua negara berkaitan tinjauan dan persempadanan sempadan yang meliputi jarak 1,822.3 km daripada 2,019.5 sempadan km. [12]